دبیرکل حزب کارگزاران سازندگی در واکنش به شهادت اسماعیل هنیه با بیان این‌که هیچ قابل قبول نیست که در قلب تهران یک چنین فاجعه‌ای اتفاق افتاده است، گفت: حتما ما خلأهایی را داریم و فکر می‌کنم زمان آن رسیده که مسئولان کشور با نهادهای مسئول با صراحت و قاطعیت بیشتری برخورد کنند.
رئیس ستاد کل نیروهای مسلح در پیامی ضمن تسلیت شهادت "اسماعیل هنیه" نوشت: بی‌شک این جنایت تروریستی، ضد انسانی و مغایر با قوانین و اصول بین‌المللی که ناشی از استیصال و شکست‌های پی‌درپی در مقابل دفاع قهرمانانهٔ جبهه مقاومت اسلامی با پشتوانهٔ مردم صبور و مقتدر فلسطین می‌باشد، زمینه‌ساز اتحاد هرچه بیشتر جبهه مقاومت اسلامی و جهان اسلام و شکست‌هایی به‌مراتب ...
سخنگوی وزارت خارجه جمهوری اسلامی ایران با اشاره به استمرار بررسی ابعاد و جزئیات ترور رئیس دفتر سیاسی حماس توسط نهادهای ذیربط ایرانی، تصریح کرد: شهادت برادر مجاهد اسماعیل هنیه در تهران، پیوند عمیق و ناگسستنی میان جمهوری اسلامی ایران و فلسطین عزیز و مقاومت را مستحکم‌تر خواهد کرد.
در پی شهادت اسماعیل هنیه در تهران، جنبش مقاومت اسلامی فلسطین (حماس) با صدور بیانیه ای نوشت: رهبر شهید مجاهد، اسماعیل هنیه پس از شرکت در مراسم تحلیف رئیس‌جمهور جدید ایران بر اثر حمله خائنانه صهیونیست‌ها به محل اقامت خود در تهران به شهادت رسید. جنبش مقاومت اسلامی در سوگ فرزندان ملت بزرگ فلسطین، امت عربی و اسلامی و همه آزادگان جهان است.
روابط عمومی کل سپاه در اطلاعیه‌ای از شهادت اسماعیل هنیه رئیس دفتر سیاسی حماس در اثر اصابت قرار گرفتن محل اقامتش در تهران خبر داد و نوشت: در پی این حادثه ایشان و یک نفر از محافظین وی به شهادت رسیدند. علت و ابعاد این حادثه در حال بررسی و نتایج آن متعاقبا اطلاع رسانی خواهد شد.
